Kościół św. Józefa jest częścią klasztoru św. Worszyłły przy ulicy Orlej. Został zbudowany w połowie XVII wieku, pomimo zastrzeżeń rady miejskiej do tego planu, ponieważ w mieście i jego okolicach było już czternaście pięknych kościołów i niewiele miejsca na domy mieszczan.

Po wywłaszczeniu klasztoru w 1945 r. został on całkowicie odrestaurowany na potrzeby Muzeum Techniki, ale po 1989 r. klasztor został zwrócony Zakonowi św. Krypta kościoła św. Józefa została udostępniona drugim wejściem (pierwsze wejście znajduje się pod posadzką kościoła) z dziedzińca klasztoru w 1994 roku. Została odkryta podczas usuwania wystawy plenerowej, kiedy dźwig wjechał w ukryte przejście i zerwał jego sufit.

Po otwarciu krypty odkryto, że szczątki zakonnic, złożone wzdłuż obwodu ścian w szybach o głębokości 2,5 m, zostały naruszone i zdezelowane, prawdopodobnie podczas rabunku. Dowodem na to było odkrycie małej cynowej trumny z bezgłowym torsem szczątków kobiety o wzroście około 120-130 cm. Była to liliputka szlachetnie urodzona, umieszczona przez rodziców w klasztorze. Szkielet ubrany był w okazałą różową suknię z koronką w zaskakująco dobrze zachowanym stanie. Na pokrywie trumny namalowany był bogato zdobiony herb. Po ekshumacji w 1995 roku, szczątki łącznie stu sześćdziesięciu zakonnic zostały z pietyzmem pochowane na cmentarzu centralnym. Pozostałe szczątki, umieszczone pod ceglanym chodnikiem krypty, pozostawiono na miejscu.

Kwadratowa przestrzeń krypty, sklepiona mocno zagęszczonym ceglanym sklepieniem, jest bardzo dobrze wentylowana i w doskonałym stanie technicznym. U szczytu krypty, pomiędzy dwoma wejściami, na ścianie znajduje się kamienna tablica z tekstem.